之后一天后到警察局去传达加强警戒网的命令，随后于白天到京都（一）找到警察传达临时撤掉警戒守备的命令，剧情会自动转到夜里，斋藤识破了那名伪装成警察的凶手。他招来了两拨杂兵，先后两战将他们都消灭后，幕后的黑手，十刃之一——蝠也出现了。和蝠也的战斗要注意及时使用长距离冲刺回避，以免被他的炸弹炸到，炸到后一般都会形成气绝状态，这样如果再被攻击到会遭受很大伤害的。蝠也的体力不是很多，但是对付他只能一刀一刀的来，看见地上他的影子后跳起把他砍下来，但不要妄图他起身给予其连续追击，因为其起身瞬间会扔出炸弹。给予其一定伤害后，战斗结束，蝠也逃走。

　　SBG：另一边，蝠也在向志志雄的亲信“方治”汇报着斋藤的情况，原来在志志雄看来，斋藤是一个大大的绊脚石，所以派蝠也去侦察试探他的。而斋藤这边，虽然解决了连续杀人事件，但他的任务其实才刚刚开始……

　　一段回忆剧情后，来到了警察局，在资料室得知了上面新派下来的任务，“肃清”志志雄真实一伙，目前的线索是一个给志志雄提供军火的商人。当夜，在京都（一）的商店街上发现了此名”恶底伤人“，玩家的任务就是在不被其他人看见的情况下偷偷尾随他在他身后给上他一刀。之后在白天到京都（一）的旅店休息，剧情就会自动转入……

　　SBG：在京都警察局的牢房里，相乐左之助坐在牢房里冲着斋藤大声的呼喊着，好象在炫耀着他的神通广大，可斋藤却根本不理他，径直走向了深处的铁门，左之助自己用拳头打开了牢房门，也跟了过来。原来铁门后面的牢房里关押的是被剑心逮到十刃之刀狩张，扫把头见到了鸡冠头，俩人竟无视斋藤打了起来……从张的口中得知了，志志雄的火烧京都计划，还有十刃的一些情况，还知道了其中最危险的两人：“天剑”宗次郎和“盲剑”宇水。斋藤和左之助都踌躇满志的要阻止火烧京都计划，但在这之前，他们要先找到剑心……

　　接下来需要做的就是不停的到京都（一）的旅店休息发展剧情，直到剑心到来……

　　SBG：在剑心和斋藤的共同分析下，发现了京都大火背后隐藏的东京炮击的阴谋，于是几人率先来到了港口，发现了隐藏在民用船内部的志志雄的战舰，于是三人合力将战舰“炼狱”破坏，阻止了志志雄的炮击东京计划。志志雄大怒，将决战地点转移到了自己的总部……

　　还是到京都（一）的旅店休息后自动转入剧情，时间回到了幕末时代，斋藤需要面对的是那时杀人不眨眼的[人斩の拔刀斋]绯村剑心。剑心的实力不用多说，就一个字：强。攻击力极强，一套连击就有可能血见红，并且此战斋藤是没有奥义可用的。所以只能摆好架构姿势，看其出手的瞬间以其为中心做绕身后回避，然后连击伺候。另外如果被打到红血，进入葛藤状态也不失为一种风险稍高的强势打法。

　　SBG：剑心，斋藤，左之助三人告别了葵屋，奔向了志志雄的老窝。决斗的规矩采取一对一的单挑方式，只有胜利了才可以继续前进。第一个站在剑心他们面前的人是被称为“明王”的破戒僧悠久山安慈，他也是教给左之助“二重劲”的人。左之助主动请战，在实力差距很大的情况下，左之助竟然领会了“三重劲”，将安慈打倒。随后从安慈的嘴里得知了，十刃中已有五人去偷袭葵屋的阴谋。情况危机，留给剑心他们的时间已不多，第二关是被称为是十刃中实力超强的“盲剑”宇水。斋藤将剑心他们支走，少了剑心的阻挠，斋藤终于可以大开杀戒……

　　对宇水之战要连战两场，宇水很会防御，玩家要通过不停的移动回避来抓住宇水攻击落空的破绽给予其连击伤害，面对其刚起身时的破绽可以用牙突零式给予重创。第二场战斗宇水会将玩家的攻击格挡开，但被其格挡后他会处于无防备状态，论按键速度CPU是赶不上玩家的，只要不停的攻击即可。当然如果被打到，可能会一套连击就变红血，那就触发葛藤状态，葛藤状态下的斋藤的攻击速度和伤害干掉宇水应该还是没问题的。

　　之后要在基地内探索志志雄的所在，中间会先后出现两场杂兵战，这两场杂兵战的敌人攻击力都不弱，所以一定要小心谨慎，安全第一。以斋藤来说，用L1+□的大范围攻击最为保险。

　　GOOD ENDING：只要在宇水之战后不进入葛藤状态即可，两场杂兵战后站在玩家面前的就是最终BOSS：志志雄真实。对志志雄要连续战两次，其实力非常强大，回避和攻击都十分强悍，一套连击就有可能让玩家看到GAME OVER的画面。

　　这里介绍一个本人研究出的无伤无赖打法，因为志志雄总是慢慢溜达着靠近玩家，所以只要玩家与其保持距离，然后按下L1，待左下角气力槽转到黄色，就冲上去放牙突零式，之后再远离他，再按L1积攒气力槽，攒够了再冲上去放零式。反复几次就可以将其无伤击败，第二战同理。

　　之后就会进入GOOD ENDING了，玩家可以放下手柄，好好欣赏结局了。

　　BAD ENDING：如果之前的触发的葛藤状态槽积攒满，那随意触发一场战斗，战斗结束后将会进入一场对50个杂兵的战斗，之后是强制的对左之助的战斗。由于这两场战斗会始终处于葛藤状态，所以胜利不是难事，但对左之助之战如果被其“三重劲”打到依旧会被秒……战胜左之助后进入BAD ENDING。

　　通关之后存档，会追加角色的特殊服装和“剑客激斗”模式。读取记录还可保留能力进行二周目。

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